Colin Edwards 2'00.248-as idejével a legjobb köridőt motorozta, majd 5 tizedet verve az elző nap jeleskedő Rossira. Ez a köridő 4 tizeddel jobb, mint Rossi szeptemberi pole pozíciós ideje (2:00.605), amit ráadásul a 990-es motoron ért el. Ezek alapján nem lehet azt mondani, hogy lassultak volna a gépek a minusz 200 köbcentitől...vagy csak a gumigyárak húztak bele?
Sepang 3. nap
1. Colin Edwards USA Yamaha Racing Team 2:00.248secs
2. Valentino Rossi ITA Yamaha Racing Team 2:00.793secs
3. Randy de Puniet FRA Kawasaki Racing Team 2:02.071 secs
4. Olivier Jacque FRA Kawasaki Racing Team 2:02.607secs
5. Makoto Tamada JAP Tech 3 Yamaha 2:03.380 secs
6. Sylvian Guintoli FRA Tech 3 Yamaha 2:04.636 secs
7. Andrew Pitt AUS Ilmor GP 2:07.373secs
Sepang 2. nap
1. Rossi - Yamaha Racing - 2'02.099
2. Edwards - Yamaha Racing - 2'02.118
3. de Puniet - Kawasaki - 2'02.554
4. Tamada - Tech 3 Yamaha - 2'02.745
5. Jacque - Kawasaki - 2'03.761
6. Guintoli - Tech 3 Yamaha - 2'05.002
7. Pitt - Ilmor Racing - 2'07.923
Sepang 1. nap
1. Colin Edwards (Yamaha Factory Racing) - 2'02.175
2. Valentino Rossi (Yamaha Factory Racing) - 2'02.221
3. Randy de Puniet (Kawasaki Racing) - 2'02.966
4. Makoto Tamada (Yamaha Tech 3) - 2'03.219
5. Olivier Jacque (Kawasaki Racing) - 2'03.959
6. Sylvain Guintoli (Yamaha Tech 3) - 2'06.558
7. Andrew Pitt (Ilmor SRT) - 2'08.640